按化學性質的不同，現在較常用的化學消毒劑包括：過氧化物類消毒劑：由于它們具有強氧化能力，各種微生物對其十分敏感，可將所有微生物殺滅。這類消毒劑包括過氧化氫（30％至90％不等）、過氧乙酸（18％至20％）、二氧化氯和臭氧等。它們的優點是消毒后在物品上不留殘余毒性，但由于化學性質不穩定需現用現配，使用不方便，且因其氧化能力強，高濃度時可刺激、損害皮膚黏膜、腐蝕物品。其中過氧乙酸常用于被病毒污染物品或皮膚消毒，一般消毒物品時可用0．5％，消毒皮膚時可用0．2％至0．4％，作用時間為3分鐘。在無人環境中可用于空氣消毒，用2％過氧乙酸噴霧（按每立方米8毫升計算），或加熱過氧乙酸（按每升1克計算），作用1小時后開窗通風。二氧化氯可用于物品表面消毒，濃度為每立方米500毫克，作用30分鐘。臭氧也是一種強氧化劑，溶于水時殺菌作用更為明顯，常用于水的消毒，飲用水消毒時加臭氧量為每升0．5至1．5毫克，水中余臭氧量每升0．1至0．5毫克維持10分鐘可達到消毒要求，在水質較差時，應加大臭氧加入量，每升3至6毫克。

指溶于水產生具有殺微生物活性的次氯酸的消毒劑，其殺微生物有效成分常以有效氯表示。次氯酸分子量小，易擴散到細菌表面，并穿透細胞膜進入菌體內，使菌體蛋白氧化導致細菌死亡。含氯消毒劑可殺滅各種微生物，包括細菌繁殖體、病毒、真菌、結核桿菌和抗力最強的細菌芽胞。這類消毒劑包括：無機氯化合物，如次氯酸鈉（10％至20％）、漂白粉（25％）、漂粉精（次氯酸鈣為主，80％至85％）、氯化磷酸三鈉（3％至5％）；有機氯化合物，如二氯異氰尿酸鈉（60％至64％）、三氯異氰尿酸（87％至90％）、氯銨T（24％）等無機氯性質不穩定，易受光、熱和潮濕的影響，喪失其有效成分，有機氯則相對穩定，但是溶于水之后均不穩定。他們的殺微生物作用明顯受使用濃度、作用時間的影響，一般說來，有效氯濃度越高、作用時間越長消毒效果越好。PH值越低消毒效果越好；溫度越高殺微生物作用越強；但是當有機物（如血液、唾液和排泄物）存在時消毒效果可明顯下降。此時應加大消毒劑使用濃度或延長作用時間。但是高濃度含氯消毒劑對人呼吸道黏膜和皮膚有明顯刺激作用，對物品有腐蝕和漂白作用，大量使用還可污染環境。因此，使用時詳細閱讀說明書，按不同微生物污染的物品選用適當濃度和作用時間，一般來說，殺滅病毒可選用有效氯每升1000毫克，作用30分鐘。此類消毒劑常用于環境、物品表面、食具、飲用水、污水、排泄物、垃圾等消毒。